1. Los Ninja eran asesinos a sueldo especializados en actos terroristas.
Los Ninja surgieron en la clase baja japonesa, como una forma de rebelión frente a la autoridad de los samurai, pertenecientes a la clase alta de Japón. Los clanes Ninja se formaban en torno a una familia, transmitiéndose los conocimientos de padre a hijo. Hubo muchas escuelas Ninja, y algunas de ellas eran mercenarias, siendo contratadas por los samurai para perpetrar actos "deshonrosos" (sabotaje, espionaje, etc.). Sin embargo, la mayoría de las escuelas Ninja buscaba formar guerreros tanto en lo físico como en lo espiritual, dotados de un amplio espectro de conocimientos y habilidades para protegerse a si mismos y a sus familias. Muchas de esas escuelas perduran hoy.
2. Los Ninja eran super hombres dotados de poderes sobrenaturales.
Parte del entrenamiento Ninja consistía en dominar el cuerpo a la perfección, es decir, la respiración, el flujo sanguíneo, la actividad corporal, etc, a veces hasta niveles sorprendentes. Además, el Ninja se sometía desde el inicio a una rígida disciplina física y mental. Por esta razón, y sólo tras un período que podía ser de dos o tres décadas, la disciplina era absoluta, pudiendo el guerrero Ninja realizar proezas como: mantenerse sin respirar durante varios minutos, controlar el dolor, reducir la temperatura de su cuerpo, entre otras. Por supuesto, para alcanzar dicha maestría, se debía comenzar la instrucción antes de los cinco años de edad.
3. Los Ninja podían volverse invisibles.
Eso no es necesariamente falso. Si entendemos por "invisible" lo que no se puede ver, efectvamente los Ninja utilizaban su entorno para ocultarse tan eficientemente que no podían ser detectados. Gracias a su flexibilidad corporal, podían refugiarse en sitios estrechos e incómodos. Durante la noche, el uso de ropas oscuras y de maquillaje los mimetizaba con la oscuridad. En el día, utilizaban astutamente disfraces y elementos distractivos para pasar desapercibidos (bombas de humo, aparatos ruidosos, etc.).
4. El Ninjutsu nació en China.
Sobre este tema no hay acuerdo, aunque hay mayor consenso frente a la idea de un arte enteramente desarrollado en Japón. La cultura japonesa se ha destacado por adoptar, refinar y sintetizar admirablemente elementos de otras culturas, y sus artes marciales no fueron la excepción. El Ninjutsu, como tal, es de origen japonés, pero dentro de sus numerosas subdisciplinas incorpora elementos de karate, aikido, judo, entre otras artes, lo que también se aplica al uso de armas, pues el Ninja utilizaba un vasto arsenal de elementos propios del Ninjutsu (shuriken, dardos, Ninja-to, etc.) y adoptados como: nunchaku, sai, bo, hanbo, etc. El Ninja, como hombre práctico, no desprecia nada de las otras artes marciales, más bien toma lo que de ellas le parece provechoso.
5. Los Ninja están extintos.
Aunque el último rol histórico importante desempeñado por los Ninja data del Japón feudal, durante el shogunado Tokugawa, los clanes Ninja persisten en su mayoría hasta hoy. De ellos, la familia o escuela de mayor tradición es la Togakure-ryu-Ninjutsu, cuyo mayor exponente es el gran maestro Masaaki Hatsumi. Desgraciadamente, muchos cuerpos de militares o paramilitares en el mundo dicen incorporar elementos Ninja en sus técnicas, lo que contribuye a crear confusión sobre el estado actual de este arte.